El Laboratorio de Paleobotánica del CICYTTP fue fundado en enero de 1998con la incorporación de dos investigadores, el Dr. Alejandro F. Zucol y la Dra. Mariana Brea, siendo para el2001 que se crea formalmente el Laboratorio de Procesamiento de Material Sedimentológico-Paleontológico con el ingreso de un Personal Principal de la CPA, el Dr. Esteban Passeggi. En la actualidad, se han incorporado 3 investigadoras: Dra. María Jimena Franco, Dra. Noelia Patterer y Dra. Soledad Ramos y una becaria postdoctoral, la Dra. Eliana Moya y becarios CIN, estudiantes avanzados y pasantes de la FCyT-UADER.
En el Laboratorio de Paleobotánica se desarrollan numerosas líneas de investigación en la provincia de Entre Ríos que abarcan el estudio de las maderas fósiles y los microfósiles de origen silíceo del Cretácico al Holoceno incluyendo las formaciones Puerto Yerúa, Paraná, Ituzaingó. El Palmar, San Salvador, Arroyo Feliciano, Hernandarias, Puerto General Alvear, Salto Ander Egg y Tezanos Pinto. Estos estudios incluyen aspectos sistemáticos, taxonómicos, paleofitogeográficos, paleoecológicos y paleoclimáticos. El principal interés que buscan estas investigaciones es contribuir al conocimiento de la evolución y distribución de la biodiversidad durante el Mioceno tardío-Pleistoceno tardío en un área de importancia para conocer y entender la historia evolutiva vegetal como consecuencia de las variaciones climáticas ocurridas durante el Mioceno, el levantamiento andino y la expansión de la diagonal árida durante el Pleistoceno, que son las principales causales de la distribución y composición de las floras actuales. El grupo interdisciplinario sobre paleobiodiversidad del noreste argentino está integrado por varios laboratorios pertenecientes al CICYTTP y por investigadores de la Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas, Universidad Nacional del Litoral.
Por otra parte, la línea de investigación que abarca el estudio de los bosques fósiles y las asociaciones fitolíticas del Paleógeno de Patagonia tiene como objetivo general el estudio de la evolución vegetal, el origen y desarrollo de los ecosistemas dominados por paleopastizales, los cambios climáticos ocurridos a través del Paleoceno-Mioceno y la vinculación y comparación con otras floras gondwánicas. Estos estudios se llevan a cabo en colaboración con colegas del CIG (CONICET-UNLP), Museo Bernardino Rivadavia, INIBIOMA-ONICET/UNCOMA, San Carlos de Bariloche, CONICET-Museo Paleontológico Egidio Feruglio, División Paleontología de Vertebrados, FCNyM-UNLP. También, se realizan estudios sobre las maderas permineralizadas del Mioceno de Mendoza se realizan en colaboración con investigadores del IANIGLA-CONICET. Mientras que estudios antracológicos y fitolíticos se han implementado en sitios arqueológicos participando de grupos multidisciplinarios tanto en la región pampeana (con investigadores del Laboratorio de Arqueología, UNMdP, Instituto de Geología de Costas y Cuaternario-CIC-IMMyC, UNMdP), norte de la Patagonia (con investigadores del INCUAPE-CONICET) y litoral argentino (con investigadores de la División Arqueología, FCNyM, UNLP y del Museo Etnográfico y Colonial “Juan de Garay”).
El Laboratorio de Paleobotánica cuenta con colecciones con más de 7000 registros que incluyen megafósiles, microfósiles, material sedimentario, material vegetal, cenizas vegetales y material carbonizado de referencia.
La Dra. Mariana es integrante del Grupo Floras Mesozoicas de Sudamérica (CECOAL, CONICET-UNNE) donde realiza estudios sobre las maderas fósiles del Jurásico de Patagonia en colaboración con integrantes del Instituto Darwinion-CONICET.
Entre sus integrantes del Laboratorio de Paleobotánica hay docentes que dictan cursos de grado y postgrado en la Facultad de Ciencia y Tecnología de la Universidad Autónoma de Entre Ríos y en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo, Universidad Nacional de La Plata.