La paleontología es la ciencia natural que estudia e interpreta el pasado de la vida sobre la Tierra a través de los fósiles. Se encuadra dentro de las ciencias naturales, posee un cuerpo de doctrina propio y comparte fundamentos y métodos con la geología y la biología con las que se integra estrechamente.
Dentro de ésta línea de investigación el CICYTTP posee tres laboratorios: el de Paleobotánica, el de Paleontología de Vertebrados y el de Palinoestratigrafía y Paleobotánica.